Dokładnie 10 lat temu, w 2010 roku zaczął się proces odnowy ołtarzy w kościele seminaryjnym. Prace dotyczyły ołtarz głównego oraz dwóch bocznych ołtarzy : Matki Bożej Różańcowej oraz Imienia Jezus. Nad całością realizacji projektu czuwał ksiądz prokurator Leszek Kwiatkowski. To właśnie dzięki niemu mieszkańcy Warszawy oraz klerycy mogą cieszyć nowo odnowionymi ołtarzami, które pomagają skupić się na modlitwie – rozmowie z samym Panem Bogiem.
Obecny ołtarz główny zbudowany jest na motywie serliany. W części cokołowej znajdują się dwie bramki, jedna po lewej druga po prawej stronie. Za głównym ołtarzem znajdują się chór zakonny, pozostałość po braciach karmelitach. Po bokach ołtarza nad drzwiami, na cokołach znajdują się dwie figury świętych związanych z zakonem karmelitów, datuje się je na pierwszą połowę XVIII wieku. Po lewej stronie znajduje się figura świętej Teresy z Avila , po prawej stronie znajduje się święty Jan od Krzyża. Figury te można rozpoznać po atrybutach. Święta Teresa posiada strzałę, która przyszywa jej serce. W ręku zaś trzyma księgę na jej stronie tekst: „Domine pati et contemni pro te” z łac.: „Panie, cierpieć i być wzgardzonym dla Ciebie”. Święty Jan od Krzyża, trzyma krzyż, w księdze zaś odczytać możemy:” Misericordias Domini in aeternum catabo Psalm 88” z łac. „Miłosierdzie Pana na wieki śpiewać będę”. Nad rzeźbami, prześwit zamyka łuk, który łączy belkowanie. Na nim znajduje się rzeźba przedstawiająca Boga Ojca w rozwianym płaszczu. Jego postać znajduje się w chmurach. W prawej dłoni trzyma berło. Całość wieńczą drapierze oraz główki aniołów, które znajdują się w obłokach. W części środkowej ołtarza znajduje się sarkofagowa mensa ołtarzowa. Na niej znajduje się pozłacane tabernakulum. Zawiera on podwójne drzwiczki. Po bokach tabernakulum są umieszczone dwie rzeźby adorujących aniołów.
Ołtarz Matki Bożej Różańcowej
Jest to barokowy ołtarz z początku XVIII wieku. Wykonany z drewna, pokryty nowymi złoceniami. Mensa sarkofagowa udekorowana jest malowanymi płycinami. Po bokach znajdują się dwie złocone kolumny z kapitelami korynckimi. W centralnym punkcie ołtarza umieszczona jest ikona Matki Bożej z Dzieciątkiem Jezus na ręku. Jest to ikona Matki Boskiej Tychwińskiej. Ikona jest stworzona w stylu hodegetrii. Matka Boska wskazuje na Chrystusa, ukazując tym, że to On jest Bogiem. Chrystus zasiada na ramieniu Matki Boskiej. W lewej dłoni trzymając zwój, symbol mądrości. Orawą zaś dłonią wykonuje gest błogosławieństwa ludu. Ikona ta trafiła do tego kościoła z kościoła Wizytek w roku 1826. Wykonanie datuje się na XVI wiek. Ikona ukazuję kunszt warsztatu moskiewskiego. Obecnie Matka Boska ma na sobie barokową sukienkę z koronami wykonaną ze srebra. Na mensie ołtarza po bokach znajdują się także barokowe figury przedstawiające scenę zaślubin Józefa z Maryją, w środku zaś znajduje się arcykapłan. Po bokach ołtarza znajdują się figury złocone św. Anny i świętego Joachima rodzice Matki Boskiej. Te figury są dziełem wielkiego rzeźbiarza Jana Jerzego Plerscha.
Ołtarz Imienia Jezusa
Powstał wraz z rozwojem na terenie kościoła Bractwa Imienia Jezus. Obraz przedstawiający Dzieciątko Jezus jest dziełem malarza Rafała Hadniewicza. Nad nim w owalnym tondo znajduje się obraz Matki Boskiej Niepokalanej, która została stworzona przez Szymona Czechowicza. Datuje się, że obraz ten powstał w XVIII wieku. Uwieńczeniem ołtarza, jest biała tarcza otoczona złotymi promieniami. W środku zaś tarczy znajduje się monogram IHS. Na mensie ołtarza znajduje się także barokowa figura przedstawiająca świętego Jana Nepomucena. Po bokach ołtarza stoją złocone rzeźby z lewej świętego Dominika z prawej zaś Judy Tadeusza.
